Iako su posljednja saznanja ozbiljno dovela u pitanje njihov utjecaj na ljudsko zdravlje, stručnjaci se slažu kako su probiotici generalno sigurni za konzumaciju, ukoliko ih koriste zdravi pojedinci.
No u nekim situacijama ni ove "dobre bakterije" nisu poželjne, upozorava nutricionistkinja Monica Reinagel za Quick and Dirty Tips. Izdvaja one slučajeve u kojima probiotici, u obliku suplemenata ili kao sastojci namirnica, mogu predstaviti prijetnju osobi koja ih konzumira.
U vrijeme sve veće popularnosti napitka "kombucha", vrsti jogurta od kojih "boli glava" i ostalih fermentiranih namirnica te suplemenata u najrazličitijim pakiranjima, važno je da oni koji koriste probiotike u svrhu zdravlja probavnog sustava znaju točno što konzumiraju i u kojim životnim situacijama.