U vrijeme visokih vodostaja svake godine iznova Neretva iz svog gornjeg toka donosi velike količine plastike i svakovrsnog otpada. Problem se iz godine u godinu ponavlja bez ikakvog mogućeg rješenja. Plastika koja dopluta iz Mostara i Čapljine završava u moru, a plastične vrećice, boce, čepovi, iz Neretve doplutaju i do srednjedalmatinskih otoka. Ekološke udruge su nemoćne pred ovim problemom jer fizički nije moguće zapriječiti dolazak komunalnog otpada iz Hercegovine. Zagađuje se korito i obale rijeke Neretve a indirektno je ugroženo i zdravlje ljudi budući se otpad mjeseci zadržava u šašu uz obalu. Drugi problem je negativan utjecaj plastike na riblji fond, budući riba jede mikroplastiku kao da je plankton. Tako plastika završava i u hranidbenom lancu ljudi, koji konzumiraju ribu.
Ekolozi predlažu da se postave mreže koje bi sakupljale plastični otpad prije negoli dopluta do maora ali za takve projekte očito nema sluha na terenu.
Veliki zagađivači rijeke Neretve su deponija Uborak kod Mostara te deponija u Čapljini koja se nalazi nedaleko od korita rijeke pa sa svakim većim vodostajem gomile smeća završe u Neretvi od Metkovića do Ploča, a kasnije u moru.
Osim što zagađuje okoliš otpad koji pluta Neretvom predstavlja i potencijalnu opasnost za brodove. Naime, debla iz Neretve doplutavala su i u Neretvanski kanala gdje je dolazilo do havarije brodova, koji su se sudarili sa tim deblima.
Od plutajućeg otpada što ga Neretva donosi s tih divljih odlagališta iz susjedstva, još veća opasnost su nevidljiva kemijska zagađenja koja kroz podzemlje prodiru u vodotokove.
U slivu rijeke Neretve u Bosni i Hercegovini nalazi desetak ilegalnih divljih deponija koje predstavljaju veliku opasnost za po okoliš u donjem Poneretvlju.