Sakristija franjevačke crkve Male braće nalazi se na istočnoj strani samostana, a u nju se ulazi iz prezbiterija crkve. Pristup u nju moguć je i kroz vrata iz klaustra, kako je zasigurno bilo od početka, jer su tako uobičajeno organizirane prostorije u samostanima. Sakristija je danas nadsvođena prostorija s dva gotička prozora, a prema istoku ima nadsvođenu kapelu s četiri gotička prozora istih dimenzija.
Izgradnja sakristije, prema sačuvanoj dokumentaciji, započela je 1319., dvije godine nakon početka izgradnje same crkve. Graditelj sakristije bio je Mato sin Kazolčev, kako je zabilježeno u Državnom arhivu u Dubrovniku (Div. canc. 8. 62.). Sačuvani dokumenti i vidljivi ostaci u zidovima otkrivaju da je ona u prošlosti doživljavala određene preinake, odnosno proširenja. Iz onoga što je na prvi pogled vidljivo, lako je zaključiti da je sakristija i u početku imala pravokutni tlocrt s dimenzijama oko 11,35 m (u smjeru sjever jug) i oko 8,70 m (u smjeru istok zapad).
Njezin tlocrt bez kapelice je i danas takav. A otkriće 2004., koje se dogodilo kod obnove istočnog krila samostana, pokazalo je da je sakristija na zidu prema istoku imala gotičke prozore i da su njezini zidovi na svim stranama bili oslikani freskama. Također je bila ukrašena drvenim oslikanim kasetnim stropom. (O pronađenim ostacima oslika pisao je u časopisu Dubrovnik broj 3, 2009. Ivan Srša restaurator, koji je radio na njihovoj obnovi). Visina sakristije prema tim otkrićima mogla je iznositi oko 7,70 m. Toj izvornoj prostoriji dodana je kasnije nadsvođena kapela prema istoku u koju je smješten oltar u kojem su se čuvale moći svetaca. U sredini današnjeg svoda sakristije ugrađen je oslikani kameni reljef sv. Franje Asiškog u okruglom lisnatom vijencu, koji vrijedi kao određeni zaglavni kamen svoda, a danas je na visini od 6,38 metra. Pored vrata koja vode u crkvu na zidu je mala kamenica u obliku školjke za blagoslovljenu vodu. Sakristija je vratima u jugoistočnom kutu povezana s kapelicom Presvetog Trojstva. Na južnoj strani u zidu je veliki kameni umivaonik za pranje ruku („pilo“). U njega je željeznim cijevima dovedena voda. Vjerojatno se to dogodilo 1903. kad je i u fontanu u klaustru tim načinom dovedena voda.